Annette Kippenhan hat in Heidelberg und Davis, Kalifornien, American Studies, Drama und Tanz studiert. An der Universität Heidelberg leitete sie mehrere Jahre Theaterworkshops und inszenierte nebenbei klassische und moderne englischsprachige Autoren.
Bevor sie 1997 zur Düsseldorfer Produktion von Grease stieß, arbeitete sie als Regieassistentin bei den Ettlinger Schlossfestspielen – unter anderem bei den Musicals Jesus Christ Superstar und West Side Story. Annette Kippenhan übernahm die Künstlerische Leitung der deutschen Erstaufführung von Rent und war während der Deutschlandtournee für die Künstlerische Supervision zuständig. Ebenso als Künstlerische Leitung betreute sie Saturday Night Fever in Köln und Das Phantom der Oper in Stuttgart. Am Musiktheater im Revier in Gelsenkirchen wirkte sie an der Uraufführung des Stückes 04 – Keiner kommt an Gott vorbei mit, für das sie während der Spielzeit die Künstlerische Supervision inne hatte. Bei den Scherenberg Burgfestspielen in Gemünden inszenierte sie im Sommer 1998 den Zauberer von Oz.
Von 2004 bis 2008 zeichnete Annette als Resident Director für We Will Rock You in Köln und für die schweizer Produktion von We Will Rock You in Zürich (2006/07) als Associate Director verantwortlich. Ebenfalls in Position des Resident Director begleitete sie 2008/2009 die Europatournee der Rocky Horror Show.